Website plotseling erg langzaam na updates

Gisteren heb ik een aantal updates uitgevoerd op een klanten website en het viel mij op dat de website erg traag is bij het opslaan van wijzigingen, etc. Het duurt bijna 1 minuut voordat een wijziging is verwerkt!
Nu viel het mij op dat er links onderin de site de tekst staat "Wachten op Flowlayout.com" en dat zegt mij helemaal niets.
Zoeken op internet levert een aantal zaken op, maar niet de oplossing.

En het vervelende is tevens dat de voorkant van de website ook erg traag is.

Heeft iemand een idee wat dit kan zijn en hoe dit te verhelpen is?

Is die site misschien gehackt?
Voer de URL eens in op: sitecheck.sucuri.net .
Koppel het resultaat even hier terug. Misschien dat er daarna nog tips te geven zijn.

Er wordt geen hack aangeven. Dus dat is het niet.

Dan zul je op zoek moeten naar een extensie die Flowlayout.com aanroept.
Die site reageert niet (geeft bij mij een 504-error), dus als jouw website die site aanroept, is het niet gek dat het lang duurt voordat de pagina is geladen.

Ik heb inmiddels weten te achterhalen dat er helaas een hack is geweest.
De huidige HTML pagina heb ik ook weten aan te pakken.

Maar het vreemde komt nu: ik heb net alle bestanden van Joomla! naar lokaal gehaald om ze door te kijken: daar staat in geen enkel bestand iets dat lijkt op de link die wordt aan geroepen: als ik 'onder water' kijk in Chrome zie ik het wel degelijk staan!

Zou iemand een idee hebben wat dit toch veroorzaakt?
Ik zie het zowel aan de voor- als aan de achterkant.

Een goede hacker zet nooit leesbare tekst in een bestand maar gebruikt base64, dus denk dat je het daarom niet kunt vinden
Het handigste en snelste is natuurlijk om een niet besmette backup terug te zetten. En anders staan hier ook nog wel wat tips.

Op zich natuurlijk logisch dat ze het onzichtbaar plaatsen, maar dat neemt niet weg dat ik in de HTML van de huidige site de betreffende regels heb zien staan en heb kunnen verwijderen. Er was tevens te zien dat dit HTML bestand op 27-01-2015 was aangepast. In de Joomla!-installatie zijn alle bestanden voor het laatst gewijzigd op 02-12-2014 en daarna dus niet meer.
Tevens is in het index.php bestand van de template niets terug te vinden.

Is er een manier om te controleren of er gebruik gemaakt is van base64?

Waar heb je ze dan verwijderd? Joomla maak geen gebruik van html bestanden, dus dat lijkt me sowieso al vreemd. En je geeft aan dat je op 5-2 nog updates hebt uitgevoerd, dus dan lijkt het me ook vreemd dat de laatst gewijzigde bestanden van 02-12-2014 dateren. Overigens zijn hackers soms ook nog zo slim dat ze een fake-datum meegeven helaas.

Ter illustratie: er bestaat een huidige HTML site met vrij weinig info. In een submap ben ik de nieuwe site aan het bouwen in Joomla.
Vandaar mijn opmerking over de HTML.
De updates heb ik afgelopen week uitgevoerd en daarbij heb ik gezien dat de site langzamer was dan normaal. Maar ja, dat kan meerdere oorzaken hebben en dan denk je niet gelijk aan een hack.
Ik werd hier op gewezen door de host nadat ik met hen contact heb opgenomen.
Daarna ben ik de bestanden langsgelopen en heb daar gezien dat de HTML site (de index.html) gewijzigd was zonder dat ik (of iemand anders met toestemming) daar in bezig ben geweest. Dit bestand heb ik geopend en daar heb ik de bewuste regel in gevonden. Deze regel heb ik weggehaald en de huidige HTML site laadt weer snel.

Dus het klopt wel dat er bestanden zijn gewijzigd na 27-01 maar daar ben ik zelf bij geweest.

Echter, de host wees mij ook op de Joomla!-site en daar kan ik 'onder water' de code dus zien staan. Alleen 'boven water' is deze helaas onvindbaar...

Blijft altijd lastig. Ik zou zeggen gebruik de tips uit dat andere draadje. Zelfs al zou je uitvinden in welk bestand de codes staan, dan nog kan het zijn dat dat bestand weer door een ander bestand daar geplaatst wordt.

Edit: of gooi er wat geld tegenaan en laat de site door sucuri opschonen.

Ik heb net wat geprobeerd via een website waar je een code kan laten omzetten naar en terugzetten vanuit Base64.
Er is 1 bestand waarbij deze website op wit gaat: kan het zijn dat het hier in zit?
Ik heb het meerdere keren geprobeerd met dit bestand en telkens gaat het scherm op wit. Neem ik een andere code, dan blijft de site zichtbaar.

In wat voor bestand staat die code en hoe ziet het eruit?