Niet indexeren index.php?

Gevonden en geprobeerd, maar...Wanneer ik die code toevoeg zie je geen base href maar ook geen link href

De basis van je probleem is dat bepaalde pagina's bereikbaar zijn via non-sef url's. En dat is vreemd. Vergelijk je .htaccess eens met de htaccess.txt van een joomla installatiepakket.
Of verwijs via verwijzingsbeheer je non-sef url's naar de juiste sef url.
Zal wel even duren voordat google het oppakt, maar na een tijdje moeten ze verdwijnen uit de zoekresultaten.

Het enige verschil was de Voor de zekerheid heb ik het bestand vervangen voor het originele bestand.

Nog even terugkomend op de canonical tag, los van mijn probleem zou je dit moeten kunnen gebruiken toch? Of werkt dat niet in Joomla 3?