Heb de genoemde module even bekeken in Helix en zag inderdaad ook het probleem.
Het lijkt mij dat het probleem ontstaat doordat Helix BS3 javascript + CSS laad, maar in de views van verschillende componenten kan het zijn dat er code van BS 2.3.x word opgeroepen. in genoemde module wordt dat bijvoorbeeld gedaan.
Code:
JHtml::_('behavior.modal', 'a.flyermodal');
Hierdoor word de standaard BS code opgeroepen, maar zag ook in libraries/cms/html/behavior.php dat Mootools Core in dat geval wordt geladen.
Code:
static::framework(true);
Op onderstaande link staat dat er een conflict kan zijn met Mootools-Core en aangezien de code van Helix daar geen rekening mee houdt zal er een botsing zijn.
github.com/joomla/joomla-cms/issues/475