Updaten van Joomla! 2.5.x gaat niet meer door alleen mappen en bestanden te vervangen.
Zo werkte het wel in 1.5, maar dus niet meer met 2.5
Ik adviseer je om alles weer goed te krijgen om
Akeeba AdminTools
te installeren.
En vervolgens via Compomenten naar AdminTools te gaan.
Daar zie je vervolgens een updateknop die je helpt om de update weer in orde te krijgen.