Afhankelijk van de ingestelde rechten kan men via de backend altijd bij de template bestanden komen, bijv. bij de index.php. Dus uitsluiten dat iemand daar wat in wijzigt kun je, denk ik, niet.
Het is wel zo, dat als de template echt helemaal jouw "geesteskind" is (en dus niet een beetje verbouwde andere template) dat daarop het auteursrecht van toepassing kan zijn. Het is wel verstandig om dat in een vroeg stadium ook met de opdrachtgever te bespreken.