Hallo Ben,
Namens het Joomla!NL team heet ik je van harte welkom op dit forum.
Er ontbreken gewoon ontzettend veel definities in je template.css.
Tip: maak gebruik van de Firebug-addon voor Firefox (links naar deze tool
hier
te vinden). Met deze tool kan je o.a. van ieder onderdeel van de site de css definities achterhalen en waar in welk bestand ze staan. Tevens kan je met deze tool in de betreffende pagina van je site veranderingen aanbrengen in de css definities en meteen zien wat het effect is (later evt. wel zelf de aanpassingen aanbrengen in css bestanden).
En persoonlijk vind ik het zonde om een verouderde template structuur met tabellen te gebruiken in een moderne versie van een css. Eigenlijk is mijn advies om op zoek te gaan naar een responsive basis template en deze naar je wensen aan te passen.